Accueil > Services > Génotypage SNP > Analyses pangénomes
Analyses pangénomes
IntegraGen est certifié "CSPro", Certified Service Provider, par Illumina, pour les technologies GoldenGate et Infinium.
Etudes d'association pangénome (GWAS) ou profils génomiques
IntegraGen propose l'ensemble de la gamme Omni d'Illumina. Ces puces permettent d'analyser jusqu'à 5 millions de marqueurs, issus des projets HapMap et 1000 Genomes.
| Beadchip | Batch minimum d'échantillons traités | Nombre de marqueurs |
| Human OmniExpress | 12 | ~700 000 |
| Human Omni1-Quad | 16 |
~1,1 millions |
| HumanOmni1S | 16 |
~ 1,25 millions |
| HumanOmni2.5-8 | 16 |
~ 2,5 millions |
| HumanOmni2.5S | 16 |
~ 2,5 millions |
| Human Omni5-Quad | 16 |
~ 4,3 millions |
Le service IntegraGen
IntegraGen propose un service complet, suivi par un LIMS propriétaire, de la réception des échantillons à la livraison des résultats:
- Contrôle qualitatif et quantitatif des ADN réceptionnés
- Validation des échantillons
- Génotypage selon le protocole Infinium Illumina
- Assignation des allèles
- Contrôle qualité des données, validation technique des puces
- Calcul du call rate (taux de génotype par échantillon) et du call freq (nombre d'échantillons génotypés par marqueur)
- Livraison de l'ensemble des génotypes sous forme de tableaux de résultats
Analyses statistiques
Sur la base d'un cahier des charges, IntegraGen peut réaliser des analyses statistiques spécifiques sur des données de GWAS. Pour toutes informations à ce sujet, merci de nous contacter.
Illumina CSPro
Contact
