Accueil > Services > Séquençage NextGen > RNA-SEQ et miRNA
Séquençage d'ARN
Profil miRNA ou smallRNA
IntegraGen a développé un protocole spécifique pour le séquençage de petits ARN.
Notre laboratoire prend en charge la purification des miRNA à partir de 1µg d'ARNtotal, et le séquençage haut-débit sur Illumina HiSeq2000 en 1x36 bases.
Les résultats livrés incluent le clustering des séquences identiques et le comptage associé, et sur demande, la classification des miRNA connus, ARN non codants, 'genomic repeats' et séquences codantes, ainsi que le différentiel d'expression des miRNA entre deux échantillons.
RNA-Seq
IntegraGen propose deux protocoles en fonction de l'objectif du projet et de la qualité de l'ARN de départ:
| mRNA-Seq |
totalRNA-Seq |
|
|
* La normalisation DSN permet l'élimination des ARN ribosomaux et la normalisation des ARN messagers surexprimés.
Les analyses bio-informatiques incluent:
- QC extensif des données de séquences
- Mapping des paires de séquences contre le génome de référence, et détection des jonctions de splice
- Annotation des gènes et transcrits
- Calcul du niveau d'expression des gènes et transcrits (FPKM)
- Expression différentielle par gène/isoforme entre deux conditions
Contact
